根據古代各種圖書記載，奇門遁甲起源於大約四千六百年前，軒轅黃帝大戰蚩尤之時，當時我們的祖先皇帝和蚩尤在逐鹿正在進行一場前所未有的大戰。蚩尤身高七尺，鐵頭銅身刀槍不入，而且會呼風喚雨，並且在戰場上製造迷霧，使得皇帝的部隊迷失方向。有一天晚上，三更半夜大家都在睡覺的時候，忽然軒轅丘上傳來驚天動地的聲音，並伴隨有強烈的光芒，驚醒了皇帝和眾人。於是大家匆匆忙忙地起床，跑過去一看，原來是一條彩虹自天空中緩緩下降，從中走出一位全身大放光明的仙女，並且手上捧着一個長九寸寬八寸的玉匣，皇帝接過來打開一看，裡面有一本天篆文冊《龍甲神章》，皇帝根據書裡面的記載製造出了指南車並最終打敗了蚩尤。

《龍甲神章》除了記載兵器的打造方法之外，還記載了很多關於如何行軍打仗遣兵調將的兵法。於是皇帝要他的宰相風后把《龍甲神章》演繹成兵法十三章，孤虛法十二章，奇門遁甲一千零八十局。後來經過周朝姜太公，漢代黃石老人，再傳給張良，張良把它精簡之後就變成了我們現在看到的奇門遁甲。