根据古代各种图书记载，奇门遁甲起源于大约四千六百年前，轩辕黄帝大战蚩尤之时，当时我们的祖先皇帝和蚩尤在逐鹿正在进行一场前所未有的大战。蚩尤身高七尺，铁头铜身刀枪不入，而且会呼风唤雨，并且在战场上制造迷雾，使得皇帝的部队迷失方向。有一天晚上，三更半夜大家都在睡觉的时候，忽然轩辕丘上传来惊天动地的声音，并伴随有强烈的光芒，惊醒了皇帝和众人。于是大家匆匆忙忙地起床，跑过去一看，原来是一条彩虹自天空中缓缓下降，从中走出一位全身大放光明的仙女，并且手上捧着一个长九寸宽八寸的玉匣，皇帝接过来打开一看，里面有一本天篆文册《龙甲神章》，皇帝根据书里面的记载制造出了指南车并最终打败了蚩尤。

《龙甲神章》除了记载兵器的打造方法之外，还记载了很多关于如何行军打仗遣兵调将的兵法。于是皇帝要他的宰相风后把《龙甲神章》演绎成兵法十三章，孤虚法十二章，奇门遁甲一千零八十局。后来经过周朝姜太公，汉代黄石老人，再传给张良，张良把它精简之后就变成了我们现在看到的奇门遁甲。